Mutanten werden altijd al gevreesd door mensen. In Amerika wilde de mensen dat de overheid iets ging doen aan de mutanten om Amerika weer veilig te maken. Bolivar Trask kwam met een soort robot die Mutanten kon onderscheiden van gewone mensen. Alleen moesten deze Robots nog gemaakt worden en daarvoor had hij een speciale X-gen nodig. En mocht Mystique die X-gen bevatten. Zij wilde de plannen van Bolivar Trask dwarsbomen en vermoorden hem. Na de moord werd Mystique gevangen genomen en werd haar X-gen gebruikt om de Robots te creëren. De Sentinels zoals ze genoemd werden duurden nog een aantal jaar voordat ze uit kwamen.

Zo'n 15 jaar later kwamen de eerste op het straatbeeld die de eerste paar Mutanten vermoorden. Charles Xavier (Professor X) is zoveel mogelijk Mutanten gaan zoeken om veilig te stellen in de X-Mansion. Charles deed dit om alle mutanten te leren om gaan met hun mutaties om zo uiteindelijk te kunnen laten zien dat mutanten helemaal niet gevaarlijk zijn.

Maar Charles is niet de enige die in beweging is gekomen. Magneto (Erik Lehnsherr) een oude vriend van Charles is ook opzoek gegaan naar mutanten. Niet om ze jaren lang op te sluiten maar om meteen te gaan vechten tegen de overheid.

Nu is het aan de mutanten, wat gaan zij doen? Vechten zij mee met Magneto of voegen zij zich toe bij Professor X? Zullen spion zijn op X-Mansion of op het Kamp van Magneto? Of kiezen zij toch liever om Neutraal te blijven in dit gevecht?